قبل لحظات من ولادة ناروتو أوزوماكي، هاجم شيطان ضخم يعرف باسم كيوبي، الثعلب ذو الذيول التسعة، كونوهاغاكوري، قرية الأوراق المخفية، وأحدث الفوضى. من أجل وضع حد لثورة الكيوبي، ضحى زعيم القرية، الهوكاجي الرابع، بحياته وختم الوحش الوحشي داخل المولود الجديد ناروتو.
القصة تتحدث عن النينجا المراهق ناروتو أوزوماكي الذي وجد نفسه منبوذًا من قبل سكان قريته بسبب الكيوبي الذي بداخله، لذلك وضع نصب عينيه أن ينال لقب الهوكاجي وهو اللقب الذي يُطلق على قائد القرية وأقوى نينجا فيها، لينال احترام واعتراف الجميع.